Na czele urzędu skarbowego stoi naczelnik powoływany i odwoływany z tej funkcji przez Szefa Krajowej Administracji Skarbowej. Kieruje on pracą urzędu za pośrednictwem zastępców.
Kierownicy samodzielnych komórek organizacyjnych, kierują ich pracami na podstawie przyznanych uprawnień, w ramach kompetencji nadanych poszczególnym pionom organizacyjnym urzędu skarbowego.
Szczegółowe kompetencje przypisane do określonych funkcji znajdujących się w strukturze organizacyjnej urzędu skarbowego określa regulamin organizacyjny.
